La stagione 1 di Halo ha lasciato molte domande senza risposta, ma si spera che la stagione 2 svelerà i più grandi misteri.
Alla fine della prima stagione di Halo, Master Chief si sacrifica per proteggere il Silver Team e ordina a Cortana di assumere il controllo del suo corpo, con conseguenze che la seconda stagione dovrà esplorare. Dal momento che Master Chief ha acquisito conoscenze che potrebbero portare l’UNSC a raggiungere finalmente l’Halo Array, è ovvio che faranno tutto il possibile per assicurarsi che mantenga alcune delle sue facoltà. D’altra parte, Master Chief della prima stagione potrebbe essere perduto per sempre. Per quanto triste sia questa possibilità, potrebbe spiegare perché la sua personalità è così diversa nello show rispetto a quanto è stoico nei giochi.
L’abilità in battaglia di Cortanas va oltre le aspettative, quindi quando prende il controllo del corpo di Master Chief per decimare i soldati Covenant, proteggere le chiavi di volta dei Precursori e salvare senza sforzo la Squadra d’Argento, la sua decisione di lasciare incolumi i Profeti è una sorta di grattacapo. Nei videogiochi, i Covenant Prophets guidano l’alto consiglio delle forze Covenant, con alcuni giochi incentrati specificamente sulla loro ricerca e uccisione. Eliminarne anche solo uno sarebbe una grande vittoria per il Consiglio di Sicurezza delle Nazioni Unite. Per questo motivo, la stagione 2 di Halo dovrà spiegare perché Cortana ha scelto di non coinvolgerli e dovrebbe anche esplorare le conseguenze del fatto che i Profeti rimangano in vita.
L’UNSC è notevolmente più oscuro nell’adattamento televisivo di Halo, e quando hanno portato alla luce molti dei riprovevoli progetti del Dr. Halsey, inclusi gli inibitori delle emozioni impiantati negli Spartan dell’UNSC, diversi membri hanno espresso comprensibile indignazione per i loro maltrattamenti. Sebbene Riz e Vannak del Silver Team rimangano incatenati ai loro inibitori, il tradimento della dottoressa Halsey li costringe a mettere in discussione il loro lavoro e la loro lealtà. Cominciano persino a considerare la rimozione degli inibitori dopo aver riflettuto sulle loro interazioni con Master Chief e Kai. Sebbene Master Chief sia costantemente rappresentato come un personaggio tutto business nei videogiochi, non sarebbe sorprendente per l’UNSC sperimentare alcune ricadute con gli Spartan che si trasferiscono nella prossima stagione di Halo.
Quando la dottoressa Catherine Halsey usa un clone per eludere la sua esecuzione, l’UNSC si chiede dove si trovi la vera dottoressa Halsey. Giustamente processato e condannato alla fine della prima stagione di Halo per una serie di attività riprovevoli, non è stata una sorpresa che il vero Halsey sia riuscito a scappare. Tuttavia, la stagione alludeva anche al fatto che potrebbe avere alleati all’interno dell’UNSC o addirittura con un’altra fazione. Sebbene la dottoressa Halsey rappresentasse già da sola una minaccia significativa, la possibilità che non lavori da sola significa che i protagonisti della serie avranno il loro bel da fare nella seconda stagione.