La terza stagione di Falling Skies si apre con due episodi: il primo appuntamento prende il titolo di On Thin Ice e riprende la narrazione sette mesi dopo che la 2 ° Mess è arrivata a Charleston e, nel frattempo, Tom è stato eletto alla carica politica di presidente dei Nuovi Stati Uniti mentre la resistenza continua a combattere contro gli invasori alieni.
Inoltre, vedremo gli Skitter ribelli combattere a fianco degli esseri umani insieme ai nuovi alieni sopraggiunti, senza dimenticare che Hal lotta con degli incubi che sembrano così reali tanto da fargli dubitare se lui sia sveglio o stia sognando, mentre Tom e Anne si preparano ad accogliere il loro bambino.
Nella seconda puntata, dal titolo Collateral Damage, vede ostilità crescenti tra la resistenza e gli invasori alieni, così Tom chiede la collaborazione di uno specialista nucleare (guest star Robert Sean Leonard), conosciuto come The King Rat per progettare un piano che colpisca gli alieni; intanto, cresce il sospetto di una talpa all’interno della resistenza, mentre Anna, nel frattempo, ha la sensazione che non sia tutto normale con il neonato.